Az almák esetében a „fajtatisztaság” mögött meglepő módon nem a magról történő szaporítás, hanem a klónozás áll.
Ha ugyanis egy almamagból új fa nő, annak genetikai állománya eltér az anyanövényétől, mivel az alma általában idegenmegtermékenyítéssel szaporodik. Emiatt az új fa gyümölcse ízben, állagban és megjelenésben is jelentősen különbözhet az eredeti almától.
A boltokban kapható, egységes minőségű fajták – például a Gala, a Granny Smith vagy a Honeycrisp – ezért valójában egy-egy kiválasztott fa genetikai másolatai. A termesztők évszázadok óta oltással és szemzéssel szaporítják a kívánatos tulajdonságú almafákat: egy jó termést adó fa rügyét vagy ágdarabját egy másik alanyra oltják, így az új növény genetikailag az eredeti fa klónja lesz.
A Granny Smith története például az 1860-as évek Ausztráliájáig vezethető vissza, amikor Maria Ann Smith felfedezte a később róla elnevezett almafát. A Red Delicious esetében pedig a világ valamennyi ilyen fája egy, az Egyesült Államokban, Iowa államban az 1800-as években felfedezett eredeti fához vezethető vissza. Egyes almafajtákról még azt is állítják, hogy évszázadokkal korábbra, akár a római korig nyúlnak vissza, bár ezekre a rendkívül régi eredetre nincs minden esetben meggyőző bizonyíték.
A klónozott gyümölcs fogyasztása önmagában semmilyen különleges egészségügyi kockázatot nem jelent. A módszer legnagyobb előnye, hogy a termelők pontosan ugyanazt az ízt, állagot és minőséget tudják újra és újra előállítani. A hátránya viszont, hogy a kereskedelmi almatermesztés viszonylag kevés genetikai változatosságra támaszkodik, miközben a természetben és a kutatóültetvényeken több ezer egyedi almafa mutatja, milyen sokféle, még felfedezetlen íz és tulajdonság létezhet.
