Csak kisebb hiányosságokat állapított meg az Állami Számvevőszék (ÁSZ) a Pázmány Péter Katolikus Egyetem (PPKE) és a Károli Gáspár Református Egyetem (KRE) 2009 és 2013 közötti időszakra vonatkozó gazdálkodását vizsgálva. A számvevők az intézmények rektorainak fogalmaztak meg javaslatokat, amelyek alapján intézkedési tervet kell készíteni.
A PPKE ellenőrzésekor az ÁSZ megállapította, hogy az egyetem belső szabályozottsága az ellenőrzött időszak alatt évente és összességében megfelelő volt, a finanszírozási megállapodás szerinti támogatások felhasználására vonatkozó döntések és éves elszámolások megfeleltek az előírásoknak. Az ellenőrzés a számviteli szabályok betartásánál tárt fel hiányosságokat.
A KRE a normatív költségvetési támogatások éves elszámolását elkészítette, a képzési, tudományos célú és fenntartói, valamint hallgatói juttatásokhoz nyújtott normatív támogatások felhasználására vonatkozó intézményi döntések megfeleltek a jogszabályoknak. A megbízási díjak kifizetésénél az utalványozás ellenjegyzését nem végezték el 2009-ben. A 2013-as kis összegű felújítások során a gazdálkodási jogkörök gyakorlása nem felelt meg a belső szabályzatnak, mert a kötelezettségvállalás szakmai ellenjegyzését nem végezték el. Az intézmény belső szabályozottsága az államháztartásból nem hitéleti célra nyújtott költségvetési támogatások felhasználására vonatkozóan megfelelő volt. A két újabb intézményről szóló jelentéssel együtt már 27 ellenőrzést zárt le az ÁSZ.
